Родился в 1954 году в городе Копейске Челябинской области.
В 1987 году по благословению Управляющего Челябинской епархией - архиепископа Свердловского и Курганского Мелхиседека, назначен настоятелем молитвенного дома в городе Каменске-Уральском. Осенью этого же года назначается настоятелем церкви во имя Покрова Пресвятой Богородицы.
В 1990 году назначен на должность благочинного 3-го благочинного округа Свердловской области, а с 1994 году –благочинным Каменск-Уральского церковного округа. На должность настоятеля церкви Покровской Божьей Матери отец Иоанн назначен в 1991 году.
В 1997 году протоиерей Иоанн Агафонов, по благословению епископа Екатеринбургского и Верхотурского Никона, назначен благочинным Южного церковного округа и одновременно членом Епархиального совета Екатеринбургской епархии.
Под руководством отца Иоанна в городе восстанавливаются храмы: Волковская Покровская церковь, Каменская Покровская церковь, Свято-Троицкий Собор, являющиеся памятниками истории и архитектуры ХIХ века, что положительно сказалось на облике города.
Протоиерей Иоанн Агафонов много сил вкладывает в работу по возобновлению деятельности православных общин, в городе Каменске-Уральском. Проводит большую просветительскую работу по духовно-нравственному воспитанию граждан, прививая им чувства терпимости, сострадания и любви к ближнему.
Деятельность Ивана Алексеевича отмечена наградами вышестоящих духовных органов.
За большую просветительскую работу по духовно-нравственному воспитанию горожан, восстановлению памятников истории и архитектуры города решением городской Думы от 10 июля 1996 года № 32 Агафонову Ивану Алексеевичу присвоено звание “Почётный гражданин города”.
